南科善用園區內的環境資源，於民國103年申請環境教育設施場所認證，並於民國104年12月21日核准。南科成立設施場所宗旨主要有二大目標：第一是澄清一般大眾對科學園區等於工業污染的制式且負面的認知；第二是創建低碳三生園區，以綠色生產、資源永續利用及友善環境為理念，融入環境教育課程中。在這兩大宗旨下衍伸出四大環境教育領域課程方向—公害防治、自然保育、災害防救、環境及資源管理和文化保存等。目前南科環境教育園區共有4套核定的課程，分別是「生命之源-水」、「垃圾魔術師」、「自然探索家」以及「雨我同在」，課程發展依環工中心、資源再生中心及防汛中心的主要任務劃分，分別探討「廢污水處理」、「廢棄物處理」、「園區自然生態」及「防洪防汛」四個議題，提供學員豐富的環境教育課程。

國道1號至安定交流道下，接縣道178道路（往善化方向），往東行駛約3公里後之T字路口右轉，進入園區南科北路。

國道1號至臺南系統，接國道8號往新化方向，往新市交流道下交流道（東向里程9公里），往臺南園區方向行駛至南側聯外道路（新港社大道），經新港社大道進入園區南科南路。