園區屬保稅區，園區事業自國外輸入自用之機器、設備、原料、物料、燃料、半製品、樣品及供貿易用之成品，免徵進口稅捐、貨物稅及營業稅，僅須依關稅法相關規定辦理通關手續，無須另行申辦免稅核准、擔保、記帳或繳納保證金。另園區事業從事產品或勞務外銷者，其營業稅適用零稅率，並免徵貨物稅，有效降低企業進出口與營運成本，提升整體投資效益與國際競爭力。

科學園區的核心競爭力，源自於創新技術研發能量與高階產業人才的持續匯聚。南部科學園區透過推動「南部科學園區新興科技應用計畫」，有效整合產學研資源，加速關鍵技術落地與創新產品開發，協助園區廠商提升技術門檻與市場競爭優勢；同時藉由「科學園區人才培育補助計畫」及「園區人才培訓暨產學合作計畫」，建立學生實習、企業用才與在職進階培訓之完整銜接機制，並建置完善的人才媒合平臺，穩定供應園區所需專業人力，降低企業招募與培訓成本，強化企業快速擴產與營運成長所需之人力支撐，整體形塑具高度投資吸引力與長期發展潛力的產業聚落。

高雄園區積體電路產業聚落已形成完整材料、設備及零組件供應鏈，涵蓋影像感測元件及模組（采鈺）、先進製程化學材料（荷蘭商英特格、昱鐳應材）、半導體製程用膠帶（三井艾喜緹）、晶圓探針卡與晶圓針測機（旺矽）、FPD IC與模組封裝（國家光電公司）、有機金屬沉積材料（台灣賽孚思(默克)）、光阻劑（新應材）、界面活性劑原體（歐利得）、蝕刻液（添鴻）、密封件（華爾卡）、封裝用接合線（田中電子）、零組件再生（榮眾）及智能化檢測與自動化設備（鏵友益）等廠商。此外，在晶圓製造與封裝方面，記憶體大廠華邦電已投資12吋晶圓廠生產利基型 DRAM，以滿足物聯網、智慧系統及工業自動化需求；日月光公司則提供高階晶片先進封裝服務。隨著相關產業持續進駐，高雄園區積體電路產業聚落的完整性與國際競爭力持續增強，已形成南臺灣高科技產業核心基地。

隨著 5G 通訊世代演進，相關軟硬體需求快速成長，強化低延遲、高頻寬與高可靠特性，並結合 AI、邊緣運算與物聯網應用。南科高雄園區已形成完整的 5G 產業聚落，匯聚穩懋、鵬鼎、佰鼎、新揚、昱鐳應材及華新科等關鍵材料與硬體大廠，未來亦將積極引進軟體及資安等應用端廠商，推動軟硬體及跨域整合，帶動園區持續創新轉型與產業升級。

高雄園區在群創電子次世代廠(8.5、8.6代及低溫多晶矽面板廠)帶動下，已吸引友達光電高雄廠(彩色濾光片)、台灣日產(配向膜)、台灣賽孚思(默克)(有機金屬沉積材料)、台灣日東光學(偏光板)、台灣東麗(光學膜片)、台灣賽諾世(黏著膜)、熒茂（觸控面板）立新化工（光阻用材料）等大廠進駐。同時，隨5G 技術持續演進，園區也積極布局低延遲、高頻寬與高可靠通訊應用，結合AI、邊緣運算及物聯網，促進光電與通訊材料、設備的軟硬體及跨域整合，加速智慧製造與創新轉型。

南科精準健康產業聚落主要發展製藥、應用生技、高階醫材及數位醫療等產業，並持續導入基因定序、細胞與免疫治療、人工智慧輔助診斷等生技新技術，提升研發與產品創新能力。為進一步提升生醫聚落產值，園區成立精準健康產業跨域推升服務平臺，結合產業發展趨勢及智慧化、AI數位資源，協助企業媒合策略合作夥伴，提供法規諮詢與認證輔導，加速產品上市期程；同時透過交流媒合活動與展會拓展行銷通路，布局國內外市場，促進健康科技發展與應用，落實「健康臺灣」的願景。