為培育科技創新能量並促進新創產業發展，南科管理局自2013年設立「南科創業工坊」，透過專業輔導與資源整合，協助新創團隊由研發階段邁向商業化發展。南科長期參與國科會「FITI（From IP to IPO）創新創業激勵計畫」，串聯成功大學及多所南部大專校院，提供創業輔導、產業導師媒合、資金與補助計畫諮詢等支援，並設置共同工作空間、獨立辦公室、自造基地與產品試製設備，建立完善的新創培育環境。
在FITI計畫中，南科輔導團隊持續展現亮眼成果。2024年兩梯次決選中，南科團隊榮獲9個獎項，涵蓋智慧醫療、循環材料、綠能與AI安全應用等領域，顯示南科在科技創新與跨域應用方面的培育成效。2025年兩梯次FITI決選中，南科團隊亦持續獲得多項肯定，包括宏碁薪傳獎及創業潛力獎等重要獎項，展現新創團隊在精準醫療、AI健康照護、智慧檢測及生質材料等前瞻技術領域的創新能力。
南科創業工坊累計已培育逾400組FITI入圍團隊，2024年培育4家、2025年培育2家新創團隊成立公司，協助逾120組團隊成立公司，累計資本額突破新臺幣48億元。透過持續完善創業輔導機制與產學研合作平臺，南科逐步建立南臺灣重要的新創育成基地，促進科技研發成果轉化為產業應用，為園區產業創新與區域經濟發展注入新動能。

為強化南科創新創業培育輔導量能，加強與日本新創圈之交流合作，於2024年09月16至20日偕同南科所輔導的4家新創企業共同參加國發會辦理「2024臺日創新高峰會」行程，除希望能吸引日本潛力新創來臺發展，並透過鏈結臺日創新創業資源，協助我國新創企業拓展海外市場；另行程安排參訪日本IBM公司（International Business Machines Corporation），瞭解該公司最新量子電腦研發情形及未來AI產業技術及應用推動趨勢，以作為推動AI與量子技術發展、算力設施佈建及南科AI產業生態系推動之參考。

南科AI_ROBOT自造基地持續成為企業導入智慧化與數位轉型的重要輔導平臺，協助企業與新創加速技術升級與產品開發，於2024至2025年間累計完成22組新創與園區內外廠商媒合洽談、簽訂4項技術合作意向書、協助6家團隊申請獎補助計畫，以及促成5件技術合作與商業訂單，成功推動跨域合作並加速技術落地。

本計畫依循臺灣精準健康戰略產業發展方向，結合園區既有ICT資通訊能量，運用5G及AIoT技術，鏈結園區企業與周邊產學研醫量能，從精準預防、精準診斷、精準治療、精準照護等趨勢佈局，善用科技創新提升醫療服務效率，輔以完善的法規輔導資源，協助園區企業申請並取得國內外認證，加速產品上市，同時透過參與國內外展會爭取商機，提升整體聚落產值，並促進健康科技的發展與應用，以落實「健康臺灣」的願景。
截至2025年12月止，南科園區共有84家精準健康產業之企業進駐，營業額約新臺幣142億元，為臺灣重要的產業聚落之一。

為落實高經濟效益及產業創新之政策主軸，激勵科學事業結盟異業或學術界力量，共同從事新興技術研究發展，南科管理局自2021年起推動「科學園區新興科技應用計畫」，引進學研各界力量，同時以產業需求為導向進行產業結盟，鼓勵產學共同投入「產業整合與關鍵技術」開發，促進創新技術人才培育、解決市場難題、培育新創公司及創造人才價值，以達成產業創新轉型與衍生產業群聚綜效的雙贏局面。
新興科技應用計畫徵求重點聚焦精準健康、智慧機械、新世代資通／積通光電（含新世代半導體、先進通訊、光電、電腦及周邊）等三大領域，同步納入AI、淨零科技、綠能減碳與分散型能源管理等主題，鼓勵廠商投入研發佈局。

廠商辦理交流媒合會，透過一對一的交流深化雙邊合作，以促成商機。 除參展行程外，同時安排拜訪日立製作所、Nobelpharma、日本化藥株式會社、日本生物產業協會及藤森工業株式會社等日本單位，以及St Vincent’s Hospital Melbourne、CSIRO、IDT Australia、CSL及PCI Pharma Services等澳洲單位，介紹南科園區的發展及區內精準健康產業聚落，爭取合作機會及國際訂單。
2025年10月率團參加「CPHI Frankfurt 2025（世界製藥原料展）」，並偕同參展廠商參與駐法蘭克福辦事處經濟組與法蘭克福投資促進會合辦之「臺德交流媒合會」，及參訪FIZ、Roche、Skyvor Medical、SIP Basel Area、Syncona及Novartis Campus等單位，交流新創育成、臨床與製造合作、資金鏈結與國際化策略等議題，作為未來推動投資媒合及國際佈局的參考。