南科管理局扮演著園區永續環境的維護者，除了瞭解各事業單位是否確實履行許可內容，也必須至現場查核及追蹤，才可進一步檢討制度上之盲點，藉由可行的方式規範各事業依循許可證登載內容操作，並落實許可證管理以及推動各污染總量管制之基礎工作，以利於整體環境品質與永續之推動。

全園區所產生的廢水經過妥善處理，符合園區污水納管標準，統一排放至園區污水下水道系統，經污水廠處理後之放流水水質均符合放流水標準，最終流向海洋，而部分放流水則回收用於污水廠內設備清洗、植栽澆灌及景觀水池。2025年納管率達100%。

園區內主要監測項目皆符合法規標準，各監測項目之詳細監測指標、數據等皆定期於南科管理局網站公告，可至「環境監測資料」區查詢。南科管理局接獲陳情事件後立即進行瞭解並完成處置。2024年及2025年分別接獲1件及2件異味陳情案件；本公司於接獲陳情後，皆立即啟動瞭解及應對措施，並已完成相關處置，以降低對周邊環境之影響。

為降低園區用水量，解決用水迫切問題，達成環評要求，及配合節能減碳政策的推動，南科積極投入節水節能輔導工作。每年均辦理園區事業單位節水輔導，並進行節水成果調查，統計園區整體之累計年節水潛量成效。

園區用水量採總量管制，滾動檢視園區廠商用水情形，透過世界資源研究所的「水資源風險評估工具」Water Risk Atlas，評估臺南園區及高雄園區皆為Low-Medium（1-2），顯示園區事業用水並無造成生態環境的重大衝擊。

隨著園區發展與從業人口增加，南科亦持續擴充巡迴交通服務。例如自2023年起新增「高科南岡山線」，提供高雄園區與南岡山捷運站之接駁服務，以鼓勵園區廠商及員工使用大眾運輸。2025年合計平均每日搭乘人數約為1,385人次，柴油車平均每日行駛里程數約1634.82公里、電動車平均每日行駛里程數約852公里（電動車平均每日可減少柴油使用量約212.92公升（電動車行駛里程/每公升汽油可跑4公里）、約減少719.68公斤CO₂e排放量）；整體減碳量為553.7公噸CO₂e。
為提升交通資訊服務品質，於2025年改版「南部科學園區智慧交通便民資訊系統」，整合園區巡迴巴士、公車與停車資訊，並提供即時車流、軌道運輸時刻查詢及到站資訊等功能，協助使用者規劃通勤路線。此外，南科亦於橋頭園區與嘉義園區推出免費巡迴巴士服務，分別串聯橋頭火車站與嘉義高鐵站，提供上下班尖峰及全天候接駁服務，並搭配車內Wi-Fi與即時資訊系統，提升園區通勤便利性。

為提升園區通勤效率與交通服務品質，南科管理局持續配合中央與地方政府推動交通改善工程，完善園區聯外道路網絡。2024年02月「新港社大道與南科聯絡道路口轉向改善工程」正式通車，強化臺南園區南側交通動線。通車後，新港社大道往南科方向設置5車道（高架快車道2線、平面快車道1線及混合車道2線），出園區方向設置4車道（平面快車道1線、混合車道2線及右轉車道1線），有效提升車輛進出園區的通行效率與行車安全，並有助分散國道8號南科交流道、省道臺1線及北外環道路等主要幹道車流，改善上下班尖峰時段壅塞情形。
此外，為進一步強化園區聯外交通機能，臺南市政府於2025年09月16日舉辦「南121線溪埔中路拓寬暨新闢道路銜接烏橋中路工程」動土典禮。工程完成後可消除道路瓶頸、改善周邊交通壅塞，並提升臺南園區對外道路服務功能。南科管理局表示，隨著園區產業發展帶動交通需求增加，聯外道路順暢對於員工通勤便利與廠商物流運輸效率至關重要，未來將持續與中央、地方政府及相關單位合作，完善交通基礎設施與聯外路網，促進園區發展與地方交通環境共榮。

為提供園區廠商更迅速及便捷的服務，園區內工商服務業計有銀行金融、郵局、證券、旅行社、會計、法律、設備服務商、電子材料代理及販售、顧問業、電信、檢測驗證及通關服務等12種不同業別，提供園區廠商完善的服務，期許將科學園區打造為高效率、安全、健康、舒適、吸引產業及人才的優質環境，並引進飲食、購物、運動、休閒、托育、安親等生活服務業。
為提升園區生活機能與工作品質，設置「南科健康生活館」，整合健康促進、運動休閒等資源，提供園區從業人員與周邊居民便利的一站式支持，協助大家在忙碌之餘維持身心健康、打造更安全舒適的友善園區環境。

2024年暑假期間，南科管理局與台積電慈善基金會及台積電公共設施服務部首次攜手合作，辦理「淨湖有你．幸福同行」生態教育課程暨健走淨湖活動，透過企業志工與親子參與的方式，共同守護南科園區周邊湖泊生態。活動分別於8月23日與09月06日舉行，共吸引台積電同仁及其家屬65人參與，在親子互動與環境教育中深化永續意識。
活動中由野鳥協會專業導覽帶領志工走訪霞客湖與三抱竹湖，介紹湖區動植物生態與濕地環境特色，並結合健走淨湖行動，沿湖步道撿拾垃圾、維護環境整潔。參與的孩子們手持環保夾與垃圾袋，與家長一同清理草叢與步道，也在過程中觀察昆蟲與特色植物，從實際體驗中認識自然生態與環境保護的重要性。
為營造友善職場並促進員工家庭互動，南科管理局每年於父親節舉辦「員工親子活動日」，邀請同仁攜家帶眷共同參與。活動現場從學齡前孩童到大學生皆熱情參與，小小孩與大小孩互動逗趣，洋溢溫馨歡樂的家庭氛圍。
2024年活動以「玩夏生態瓶中趣」為主題，邀請「植得其所」工作室花老師帶領親子製作生態瓶。透過植栽與造景素材的搭配，親子一同動手打造專屬的小小生態世界，從作品風格中也展現出不同的創意與個性。在老師的指導下，參與者不僅學習生態瓶的照護方法，也在實作體驗中認識環境永續的重要性，留下珍貴的親子共創回憶。
2025年親子活動則結合傳統工藝體驗，邀請「大崎村落創藝基地」林建叡老師帶領製作「地雷陀螺」。從剖竹、鑽洞到組裝完成，孩子們親手打造專屬陀螺，並在現場進行PK競賽，高速旋轉的陀螺嗡鳴作響，讓大小朋友都沉浸在熱鬧的比賽氛圍中。活動同時介紹臺南在地鄉村環境與取材自然的工藝智慧，讓參與者在玩樂中體會環境與文化的價值。
透過年度親子活動日，南科管理局不僅促進員工家庭交流，也讓孩子更瞭解父母的工作環境，為辛勤工作的同仁帶來支持與鼓勵。未來將持續推動多元活動，打造兼顧工作與家庭的友善職場環境。

南科新港社地方文化館為結合宗教與文化的複合式空間，二樓為廟宇「新港堂」，一樓則為藝文展覽場域，提供在地藝術家、藝術團體、學校美術班及園區員工社團展示與交流的平臺。文化館主要展出臺南新市、善化、安定及周邊地區藝術創作成果，促進社區藝文互動與文化交流。2024至2025年間共舉辦18場展演活動，展現豐富多元的創作能量。
為協助南科外籍從業人員更快融入臺灣生活並認識在地文化，南科管理局於2025年04月舉辦「南科外商臺灣媽祖文化體驗活動」，由局長鄭秀絨帶領園區廠商外籍員工參與大甲媽祖遶境活動。一行人跟隨媽祖鑾轎行經彰化，親身體驗「追媽祖」的熱潮與信眾結緣文化，感受臺灣宗教信仰所展現的溫暖與人情味。

南科管理局推動綠建築，促進建築與環境共生共利，落實建築節約能源，持續降低能源消耗及減少二氧化碳之排放，為鑽石級綠建築密度最高的科學園區。臺南園區及高雄園區皆已取得鑽石級生態社區標章，佔全國鑽石級生態社區1/3，目前園區共計有19座建築物取得EEWH鑽石級綠建築標章，綠建築面積佔園區建築總樓地板面積36.4%。

南科管理局持續推動園區綠地維護與景觀管理，以營造兼具產業發展與生態環境的永續園區。南部科學園區總開發面積約1,610公頃，在園區規劃與營運過程中均納入綠地保留與景觀設計，確保園區具備良好的綠覆環境與開放空間。依園區土地使用與都市設計規範，事業專用區綠化面積須達基地面積20%以上，一般公共設施用地須達35%以上，公園及綠地用地則須達80%以上的綠化比例，以維持整體生態與景觀品質。

南科管理局為在園區營造友善的生態環境，於臺南園區霞客湖旁首創「人工濕地」保育生態區，是國內第二個取得法源依據的生態保護專區，具備草地、灌木叢、水池、溝渠等不同類型的棲地，高雄園區亦設有生態保護區，以及因應新設園區發展，亦規劃在嘉義園區保留1.45公頃、橋頭園區於滾水坪泥火山公園營造東方草鴞適宜利用的棲地環境、屏東園區保留0.8公頃棲地，分別復育環頸雉及草鴞，不只是打造科技廊帶，更將形成「南台灣生態廊帶」。

園區從業人員每天上下班必經之路，園區的各個角落，許多小小的生物棲息著，南科管理局為推動生態保育與復育，積極透過網路媒體分享，以有趣圖文或影片介紹園區內常見物種，讓民眾能一窺園區內的生態資源也感受大自然的奧妙，同時宣傳園區內的環境保育。

南科管理局持續辦理環境教育課程相關活動，「垃圾魔法師」環境教育活動於2024年至2025年共計辦理5場次，累計144人次參與，展現持續推動環境教育與資源循環觀念宣導之成果。

南科管理局自2017年起響應環保署發起的「海岸淨灘認養活動」，認養臺南南區黃金海岸一帶約500公尺海岸，黃金海岸風景優美，擁有柔軟細緻的沙灘和寬廣無際的海岸線，帶領員工至黃金海岸淨灘，在活動中傳達並落實環境教育的理念，鼓勵同仁付諸行動環保愛地球，協助維護海岸環境清潔，為海洋環境盡一份力量，以實際行動清理海岸垃圾。2024年參與黃金海岸淨灘活動總計99人時數及2025年參與觀夕平臺淨灘活動總計140人時數。

園區推動自然保育觀念及行動方面一直不餘遺力，因此希望可以藉由寓教於樂的方式，在不破壞自然環境的原則下能夠享受多采多姿的生態體驗，一起認識臺灣保護區域及生物多樣性的珍貴與脆弱，進而在生活中採取具體可行的友善行動。2024年及2025年皆辦理生態導覽活動，各年度參與人數均為80人，顯示南科持續推動生態教育與環境意識提升，並透過相關活動深化參與者對自然環境保育之認識。

由於南科園區內進駐產業型態多元，面對職業災害、地震、火災、天然災害及其他類型災害等緊急事件若有不慎極易發生重大財產損失及人命傷害等事件，因此持續、有計畫性的辦理各種消防訓練，並配合工安環保月活動舉辦，協助園區廠商強化消防安全意識與訓練，讓廠商員工熟悉消防救災與緊急應變能力，再透過公開的應變演練不斷完善園區整體的消防應變能力。

南科管理局致力於推動園區廠商綠色轉型，長期辦理節能輔導計畫。輔導內容包含廠區能源診斷、高耗能設備汰換建議、變頻控制技術應用及溫室氣體盤查，旨在協助廠商提升用電效率、降低經營成本，邁向低碳化發展。

為協助園區廠商掌握國家環保政策趨勢、法規制度變動及申報系統操作要求，南科管理局依據園區產業特性與廠商實務需求，持續辦理環保法規及管理制度相關說明會。
配合國家2050淨零排放路徑中將資源循環零廢棄納入十二項關鍵戰略之一，以及為使園區廠商清楚空氣污染物排放量計算與收費的相關規定，2024年及2025年各辦理2場次說明會，強化廠商法遵意識、污染防治能力及自主環境管理效能。