一、台南園区汚水処理場
南部サイエンスパーク台南園区の雨水と汚水の収集は分流システムを採用しています。園区で収集された雨水は雨水収集管に集められ、遊水池を経てから大洲排水によって塩水渓に放流されます。各工場から排出された工業廃水（従業員の生活排水を含む）は、汚水収集管によって台南園区汚水処理場に集められ、排出基準まで処理された後で塩水渓に放流されます。同時に、廃水は各工場で一定基準まで処理されてからでなければ汚水下水道に排出させないなど、汚水処理場の処理能力を正常に保つための管理も行っています。

二、台南園区資源再生センター
資源再生センターは、有害事業廃棄物と一般産業廃棄物を処理するための総合廃棄物処理施設で、焼却炉、有用物化処理施設、固化処理施設、埋め立て処理場などを有しています。有害廃棄物及び一般業務廃棄物処理などの多目的施設を備えています。主に園区内の事業所が排出した固形廃棄物、有機溶剤、有機汚泥などを受け入れ、合法的かつ適切にこれを処理しています。

三、環境モニタリング施設
管理局では環境に関する各種モニタリング作業を通じて園区の空気、水質、騒音、汚染物質の排出状況などを把握し、これらの数値が環保署の定める基準値をクリアしているか適宜チェックしています。自動空気品質監視ステーション４箇所を設置したほか、硫黄酸化物自動計測器２箇所、地表水の水質チェックポストを1カ所、地下水検査孔を51箇所に設置しています。